Η έκθεση «Το Ολοκαύτωμα των Ελλήνων Εβραίων: Καταδιωκόμενοι και Σωτήρες», η πρώτη μεγάλη διεθνής περιοδεύουσα έκθεση του ΕΜΕ για το Ολοκαύτωμα, δημιουργήθηκε μετά από πρόσκληση και με χρηματοδότηση του Υπουργείου Τύπου και Μ.Μ.Ε. το 2000 και εγκαινιάστηκε για πρώτη φορά στο Στρασβούργο, Πόλη Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, το Φεβρουάριο 2001 στο Mέγαρο του Συμβουλίου της Ευρώπης, αποσπώντας θερμές κριτικές.

Ενσωματώνοντας ήδη υπάρχον υλικό, καθώς και τα αποτελέσματα πρόσφατων ερευνών, η έκθεση διαρθρώθηκε σε 18 θεματικές ενότητες, με δίγλωσσα κείμενα και 170 φωτογραφίες εγγράφων, ντοκουμέντων και αντικειμένων της εποχής, από τη συλλογή και το αρχείο του Μουσείου.

Εκτός από την αφήγηση των γεγονότων, μέσα από προσωπικές μαρτυρίες παρουσιάστηκαν οι πρωταγωνιστές του δράματος, οι Έλληνες Εβραίοι και οι χριστιανοί συμπατριώτες τους που προσπάθησαν να τους συνδράμουν.

Το υλικό μοιράστηκε σε μεγάλο αριθμό πανώ και συνοδεύτηκε από προβολή διαφανειών και τρισδιάστατα αντικείμενα τέχνης από σύρμα και μέταλλο, δημιουργώντας ένα επιβλητικό και εντυπωσιακό αισθητικό αποτέλεσμα.

Η έκθεση παρουσιάστηκε επίσης στην Κοπεγχάγη (21 μέχρι τις 30 Μαΐου 2001 στο συναυλιακό χώρο Old Fellow Palace, στο κέντρο της πόλης), στη Θεσσαλονίκη (16 ως 30 Ιουνίου 2003 στο Φουαγιέ του Βασιλικού Θεάτρου) και στην Αθήνα, στο Μέγαρο Μουσικής στις 27 Ιανουαρίου 2004, στο πλαίσιο τελετής για την καθιέρωση της 27ης Ιανουαρίου ως Επίσημης Ημέρας Μνήμης του Ολοκαυτώματος.