Στα τέλη Οκτωβρίου 1997, στην 20η επέτειο της ίδρυσης του, το Εβραϊκό Μουσείο της Ελλάδος άφησε την παλιά του στέγη και μετακόμισε στις νέες, μόνιμες εγκαταστάσεις του. Τα εγκαίνια του ανακαινισμένου νεοκλασικού κτήρίου στην οδό Νίκης 39 έγιναν το Μάρτιο του 1998.
Το κτήριο της οδού Νίκης 39 παρουσιάζει ιδιαίτερο αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον. Δημιουργήθηκε μέσα στο κέλυφος του διατηρητέου νεοκλασικού κτηρίου, κρατώντας ανέπαφη την εξωτερική του όψη, ενώ το εσωτερικό του ανακατασκευάστηκε πλήρως, για να καλύψει τις ανάγκες ενός σύγχρονου μουσείου. Έχει τέσσερις ορόφους, οι τρεις από τους οποίους χωρίζονται σε τρία ανισόπεδα επιμέρους επίπεδα. Όλα τα επίπεδα διαρθρώνονται ακτινωτά γύρω από ένα κεντρικό οκταγωνικό οπαίο, το οποίο εκτείνεται από το υπόγειο του κτηρίου μέχρι το μικρό δώμα. Περιγράφεται από οκτώ μεταλλικές κολώνες, γύρω από τις οποίες αναπτύσσεται και το κλιμακοστάσιο, σχηματίζοντας μια περιελισσόμενη σπείρα, η οποία δημιουργεί ανάταση με την ανοδική πορεία της. Η θεματολογική ανάπτυξη της μόνιμης έκθεσης του Μουσείου ακολουθεί την περιέλιξη αυτού του οκταγωνικού άξονα, καθώς τα αρχιτεκτονικά επίπεδα ορίζουν και τα εκθεσιακά. Το οπαίο καλύπτεται από γυάλινο θολωτό φεγγίτη που επιτρέπει την είσοδο φυσικού φωτός στο μουσείο. Από αυτή την αρχιτεκτονική επιλογή προκύπτει ένα ενδιαφέρον περιβάλλον με πολλές γωνιώδεις μορφές και σχήματα, που ξεκινούν από τον κεντρικό κυκλικό φωταγωγό.
Οι εσωτερικοί χώροι βάφτηκαν σε τόνους που κυμαίνονται από το υπόλευκο έως το ανοιχτό ροδακινί. Οι συγκεκριμένες χρωματικές επιλογές στοχεύουν να απαλύνουν τα πολλαπλά γωνιώδη σχήματα, αλλά και να δημιουργήσουν ένα διακριτικό, ουδέτερο φόντο για τα πολύχρωμα εκθέματα. Τα πατώματα καλύπτονται από άσπρο μάρμαρο και φυσικό ξύλο, το οποίο εντείνει τη ζεστή και οικεία ατμόσφαιρα που ήδη αποπνέει το κτήριο.
Σε χώρο 800 τετραγωνικών μέτρων φιλοξενούνται, η συλλογή που αποτελείται από 8.000 σπάνια θρησκευτικά και οικιακά αντικείμενα και αρχεία, αποκλειστικά προερχόμενα από την ιστορική πορεία και παράδοση των Ελλήνων Εβραίων, καθώς και οι χώροι εξυπηρέτησης των επισκεπτών και οι χώροι εργασίας. Το κτήριο προστατεύεται από ένα σύστημα ασφαλείας σύγχρονης τεχνολογίας, κάμερες παρακολούθησης, φύλακα και διαθέτει συναγερμό πυρός και υπερχείλισης υδάτων. Ο διαθέσιμος χώρος έχει διαμορφωθεί ώστε να στεγάσει τη μόνιμη έκθεση, τις αίθουσες περιοδικών εκθέσεων, σύγχρονης τέχνης και εκπαιδευτικών προγραμμάτων, βιβλιοθήκη, βεστιάριο , αποθηκευτικούς χώρους, φωτογραφικό αρχείο και εργαστήριο, εργαστήριο συντήρησης και χώρους εργασίας.
