Η καταγραφή και τεκμηρίωση της συλλογής αποτελεί αναγκαιότητα, διότι εγγυάται την ασφάλειά της, αρχειοθετεί την πληροφορία που συνδέεται με τα αντικείμενα, κάνοντας εφικτή την πρόσβαση σε αυτήν και καθιστώντας την διαχρονική. Οι νέες τεχνολογίες προσφέρουν μεγαλύτερες δυνατότητες για πληροφόρηση και επεξεργασία πάνω σε θέματα τεκμηρίωσης, ανάκτησης, συντήρησης και δικτύωσης με σκοπό την ανταλλαγή πληροφοριών.
Η ψηφιακή καταγραφή της συλλογής του Ε.Μ.Ε. ολοκληρώθηκε το 2003. Το σύστημα που τηρείται δεν ακολουθεί κάποιο από τα διεθνή πρότυπα, άλλα είναι μια απλή βάση δεδομένων, προσαρμοσμένη από το ίδιο το προσωπικό έτσι, ώστε να καλύπτει τις ανάγκες τεκμηρίωσης του Μουσείου. Τα πεδία των δεδομένων περιλαμβάνουν τον αριθμό του αντικειμένου, την ημερομηνία εισαγωγής, τη θεματική του ενότητα, τα κύρια υλικά κατασκευής του, την περιγραφή και τις διαστάσεις του, τον τόπο προελεύσεώς του, την κατάστασή διατήρησής, τον τρόπο απόκτησης, τον δωρητή ή πωλητή, την τυχόν σύνδεσή του με άλλα αντικείμενα της συλλογής, την ακριβή τοποθεσία έκθεσης ή φύλαξης του, τον αριθμό των ομοθεματικών αντικειμένων, τη σύνδεσή του με το φωτογραφικό αρχείο, σημειώσεις αρχείου και σημειώσεις συντήρησης.
Το αρχείο αυτό είναι εύχρηστο και ευέλικτο και στο άμεσο μέλλον θα εμπλουτιστεί και με άλλα πεδία, όπως βιβλιογραφικές αναφορές και συμμετοχή σε περιοδικές εκθέσεις ή άλλες δράσεις.
