Το Μουσείο φροντίζει να εμπλουτίζει διαρκώς τις συλλογές του. Συλλέγει αποκλειστικά οτιδήποτε σχετίζεται με την καθημερινή και τη θρησκευτική ζωή, την ιστορική πορεία, την προφορική ή τη γραπτή παράδοση, την πολιτισμική ζωή, τις επαγγελματικές επιλογές και γενικά όλες τις εκφάνσεις του ανθρώπινου βίου, όσον αφορά στο εβραϊκό στοιχείο του Ελλαδικού χώρου.
Το 95% των εισαγωγών στη συλλογή προέρχεται από δωρεές, κατά κύριο λόγο ιδιωτών, από την Ελλάδα και το εξωτερικό. Κατά τα άλλα, δεν γίνεται συστηματική έρευνα αγοράς, ούτε υπάρχουν σταθερά διαθέσιμα κονδύλια για αγορές αντικειμένων. Κατά καιρούς, έμποροι ιστορικών αντικειμένων απευθύνονται στο Μουσείο για κάποιο αντικείμενο, που έχει έρθει στην κατοχή τους και το Μουσείο, μετά από σχετική έρευνα και τεκμηρίωση, δρα κατά περίπτωση. Συχνά για να καλυφθεί το κόστος παρόμοιων αγορών, εξασφαλίζεται έκτακτη χορηγία από τους Φίλους του Μουσείου.
Το Ε.Μ.Ε., προκειμένου να εμπλουτίσει τη συλλογή του, έχει προβεί σε αγορές αντικειμένων, με κορυφαία αυτή ενός σπάνιου βενετικού χειρογράφου του 1642, που αφορά στην Εβραϊκή Κοινότητα της Κέρκυρας. Το χειρόγραφο αποκτήθηκε με πλειοδότηση σε δημοπρασία του οίκου Sotheby‘s του Λονδίνου.
