Η ασφάλεια και προστασία των φυλασσόμενων μουσειακών αντικειμένων αποτελεί βασική και διαρκή μέριμνα κάθε μουσείου. Η πολιτική ασφάλειας και προστασίας του Ε.Μ.Ε. περιλαμβάνει τη φιλοσοφία του σε θέματα συστηματικής και προληπτικής συντήρησης και τα μέτρα που λαμβάνει για την πρόβλεψη των φυσικών καταστροφών και των καταστροφών από τον ανθρώπινο παράγοντα.
Στο Ε.Μ.Ε. η ασφάλεια από φυσικές καταστροφές επιτυγχάνεται χάρη στα συστήματα πυρασφάλειας και συναγερμού πλημμύρας, ενώ τα έπιπλα και οι βάσεις στήριξης είναι κατασκευασμένα έτσι, ώστε να είναι σταθερά σε περίπτωση σεισμού. Η ασφάλεια από τον ανθρώπινο παράγοντα επιτυγχάνεται με σύγχρονο σύστημα συναγερμού που συνδέεται με ιδιωτική εταιρεία φύλαξης και λειτουργεί τις ώρες που το Μουσείο είναι κλειστό και με φύλακα τις ώρες λειτουργίας του. Υπάρχει επίσης σύστημα παρακολούθησης και μαγνητοσκόπησης με κάμερες. Η προστασία από τις καταστροφές που προέρχονται από τη χρήση της συλλογής επιτυγχάνεται, στην περίπτωση της αποθηκευμένης συλλογής, με την περιορισμένη πρόσβαση και την καταγραφή όλων των μετακινήσεων των αντικειμένων. Στους εκθεσιακούς χώρους επιτυγχάνεται με τον περιορισμό σχεδόν όλων των εκθεμάτων μέσα σε ειδικές προθήκες και συνολικά με την ημερολογιακή καταγραφή όλων των δραστηριοτήτων που σχετίζονται με τη συλλογή και με τη χάραξη συγκεκριμένων προδιαγραφών για το σωστό χειρισμό των αντικειμένων, για τις οποίες είναι ενήμερο όλο το προσωπικό. Τέλος, διενεργείται εβδομαδιαίος έλεγχος και εποπτεία όλης της συλλογής – τόσο στους εκθεσιακούς όσο και στους αποθηκευτικούς χώρους.
Στο σύνολό της η συλλογή είναι ασφαλισμένη για ενδεχόμενη κλοπή, πυρκαγιά, πλημμύρα, σεισμό και τρομοκρατικές ενέργειες, ενώ κάποιες κατηγορίες σημαντικών αντικειμένων είναι ασφαλισμένες ξεχωριστά. Τα αντικείμενα που εξέρχονται από το Μουσείο για να συμμετάσχουν σε περιοδικές εκθέσεις, ασφαλίζονται επιπλέον για την μεταφορά τους και για την παραμονή τους. Επιπλέον, το Ε.Μ.Ε. είναι ασφαλισμένο για την προσωρινή έκθεση εισερχόμενων δανείων από άλλα μουσεία ή ιδιώτες.
