Προληπτική συντήρηση είναι το σύνολο των συντονισμένων ενεργειών που αποσκοπούν στη δημιουργία κατάλληλου περιβάλλοντος, προκειμένου να επιβραδυνθεί η ταχύτητα φθοράς των πολιτιστικών αγαθών. Οι παράμετροι που μπορεί να αποτελέσουν φθοροποιούς παράγοντες είναι οι περιβαλλοντικές συνθήκες, τα φυσικά φαινόμενα και ο ανθρώπινος παράγοντας.
Τα έτη 1996 – 1997, ενόψει της μετακόμισης του Ε.Μ.Ε. στις νέες του εγκαταστάσεις, το τμήμα προληπτικής συντήρησης ανέλαβε την απογραφή των αντικειμένων της συλλογής (1996 – 1997), την καταγραφή της κατάστασης διατήρησής τους και τη συσκευασία για την προστασία τους κατά τη μεταφορά. Τέλος, σχεδίασε και επέβλεψε τη βιολογική απολύμανση των αντικειμένων, που ήταν κατασκευασμένα από οργανικά υλικά, πριν αυτά εγκατασταθούν στις νέες τους θέσεις.
Στο καινούριο κτήριο του Ε.Μ.Ε. εκπονήθηκε ειδική μελέτη για τον καθορισμό της πολιτικής προστασίας της συλλογής στους αποθηκευτικούς χώρους του Μουσείου, καθώς και των διαδικασιών πρόσβασης και χειρισμού των αντικειμένων. Η αποθηκευμένη συλλογή χωρίστηκε, ανάλογα με το υλικό κατασκευής των αντικειμένων, σε τρεις διαφορετικούς χώρους, έτσι ώστε να διασφαλιστούν οι κατάλληλες περιβαλλοντικές συνθήκες κατά περίπτωση.
Το Ε.Μ.Ε. έχει επιλέξει να δώσει άμεση προτεραιότητα στην προληπτική συντήρηση της συλλογής του έναντι της συστηματικής, με σκοπό τη σωστή διαφύλαξη των αντικειμένων της αποθηκευμένης συλλογής. Συνήθως, οι περιπτώσεις που έχουν άμεση ανάγκη συστηματικής συντήρησης και, κυρίως, οι περιπτώσεις αντικειμένων που πρόκειται να συμμετέχουν σε περιοδικές εκθέσεις, εντός ή εκτός των εγκαταστάσεων του Μουσείου, αναλαμβάνονται από εξειδικευμένους εξωτερικούς συνεργάτες στα ιδιωτικά τους εργαστήρια. Μετά από εμπειρία ετών , παρατηρήθηκε ότι το σύστημα αυτό διαχείρισης έχει πολύ καλά αποτελέσματα. Το οικονομικό κόστος συντήρησης και λειτουργίας του συστήματος είναι μικρό και προβλέψιμο, ενώ επανειλημμένοι έλεγχοι απέδειξαν ότι η αποθηκευμένη συλλογή διατηρείται σε σταθερή κατάσταση και προστατεύεται αποτελεσματικά.
