Κατά τον 16ο αιώνα, η Κομοτηνή δέχτηκε Σεφαραδίτες Εβραίους από την Αδριανούπολη και τη Θεσσαλονίκη. Μέχρι τον 18ο αιώνα, οι Εβραίοι της πόλης ασχολούνταν με το εμπόριο υφασμάτων, μεταξιού και μαλλιού, ενώ αργότερα ανέπτυξαν και τη βιομηχανία καπνού. Η εβραϊκή συνοικία βρισκόταν δίπλα στα τείχη της πόλης και η Συναγωγή, που κτίστηκε τον 18ο αιώνα, στη σημερινή πλατεία Αυτοκράτορος Θεοδοσίου. Στις αρχές του 1900, η κοινότητα είχε 1.200 μέλη. Το 1910, λειτούργησε στην πόλη το σχολείο της Αlliance. Κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων, ο εβραϊκός πληθυσμός της Κομοτηνής μειώθηκε, καθώς πολλοί Εβραίοι εγκαταστάθηκαν σε μεγαλύτερες πόλεις, όπως στη Θεσσαλονίκη και την Κωνσταντινούπολη. Οι Εβραίοι της Κομοτηνής ζούσαν αρμονικά με τον υπόλοιπο πληθυσμό και διατηρούσαν φιλικούς δεσμούς με τους συμπολίτες τους. Συμμετείχαν ενεργά στην πολιτιστική ζωή της πόλης με ποικίλες πρωτοβουλίες, όπως, λ.χ., θεατρικές παραστάσεις των έργων του Ρακίνα «Εσθήρ» και «Αθαλία». Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου η Κομοτηνή βρέθηκε στη βουλγαρική ζώνη κατοχής. Τη νύχτα της 3ης Μαρτίου 1943, οι 819 Εβραίοι της πόλης συνελήφθησαν και, όπως και οι υπόλοιποι Εβραίοι της Ανατολικής Μακεδονίας και της Θράκης, εκτοπίστηκαν στο στρατόπεδο της Τρεμπλίνκα, όπου εξοντώθηκαν. Μόλις 28 Εβραίοι από την Κομοτηνή επέζησαν του Ολοκαυτώματος. Η κοινότητα δεν μπόρεσε ουσιαστικά να ανασυγκροτηθεί και το 1958 κηρύχθηκε και επίσημα ανενεργή.

(Το περιεχόμενο συμπεριλαμβάνεται στην ψηφιακή εφαρμογή πολυμέσων του Εβραϊκού Μουσείου της Ελλάδος με τίτλο «Οι Εβραίοι της Ελλάδας, 2300 Χρόνια Ιστορίας και Παράδοσης/ The Jews of Greece, 2300 Years of History and Tradition”)