Τα πρωτότυπα αντικείμενα των συλλογών του Μουσείου είναι οργανωμένα σε πλήθος ειδολογικών κατηγοριών. Από τις μεγαλύτερες κατηγορίες είναι τα βιβλία, που περιλαμβάνουν Προσευχολόγια, Ψαλμούς, βιβλία της Πεντατεύχου (Τορά) βιβλία σχολιασμού ιερών κειμένων, Καμπαλά, καθώς και βιβλία ιστορικά, σχολικά, εγχειρίδια, εθνογραφικά, λογοτεχνικά, ποιητικές συλλογές, ημερολόγια και λευκώματα, που χρονολογούνται από το 16o αι.
Επίσης, ιδιαίτερα ευμεγέθης και αντιπροσωπευτική είναι η κατηγορία των ενδυμάτων, που περιλαμβάνουν παραδοσιακές ενδυμασίες (18ος – 20ος αι.) και αστικά ενδύματα (19oς – 20oς αι.), γυναικεία, ανδρικά και παιδικά, καθώς και μεγάλη ποικιλία από αξεσουάρ ένδυσης. Ακόμη, βρεφικά ενδύματα, ενδύματα περιτομής και ενδύματα προσευχής. Ιδιαίτερη υποκατηγορία αποτελούν τα προικώα χειροποίητα ρούχα, εσώρουχα, νυχτικά, πουκάμισα, φορέματα, καθώς και οικιακά υφάσματα σεντόνια, πετσέτες, παπλώματα, καλύμματα μαξιλαριών, κεντήματα, τσεβρέδες και δαντέλες.
Ξεχωριστή υποκατηγορία αποτελούν οι στρατιωτικές στολές και τα ενθύμια και η Συλλογή του Ολοκαυτώματος που περιλαμβάνει στολές από στρατόπεδα συγκέντρωσης και υφασμάτινα κίτρινα αστέρια.
Όσον αφορά στα τελετουργικά και συναγωγικά υφάσματα, υπάρχει μεγάλος αριθμός και καλή αντιπροσώπευση όλων των ειδών, που συναντώνται στη ρωμανιώτικη και σεφαραδίτικη παράδοση. Επίσης, οι συλλογές του Ε.Μ.Ε. περιέχουν πλήθος συναγωγικών αντικειμένων, όπως μενορότ, τικκίμ, ριμμονίμ, κυλίνδρους της Πεντατεύχου, ταχσσιτίμ, δείκτες ανάγνωσης, καθώς και την επίπλωση της Συναγωγής της Πάτρας.
Αξιόλογη κατηγορία αποτελούν τα οικιακά σκεύη, που περιλαμβάνουν σερβίτσια, μαχαιροπήρουνα, μπολ και ταψιά, κηροπήγια και άλλα, καθώς και τα οικιακά τελετουργικά σκεύη, όπως μεζουζότ, μεγγιλότ, χανουκιγιότ, σκεύη για μυρωδικά, κηροπήγια του Σσαμπάτ και καντήλια.
Σπάνια και σημαντικά δείγματα περιέχει και η κατηγορία των χειρογράφων, η οποία περιλαμβάνει πιστοποιητικά περιτομής (αλεφιότ), προγαμιαία συμβόλαια (κετουμπότ), κυλίνδρους της Εσθήρ (μεγγιλότ), προσωπικά ημερολόγια, ποικίλη αλληλογραφία, καρτ ποστάλ και οθωμανικά φιρμάνια του 19oυαι. Επίσης, το Ε.Μ.Ε. διαθέτει πλήθος εγγράφων. Μερικές χαρακτηριστικές κατηγορίες είναι πιστοποιητικά, βεβαιώσεις, ταυτότητες, διαβατήρια, μεταναστευτικά και στρατιωτικά έγγραφα, τηλεγραφήματα, μετοχές και χρεόγραφα. Πολλά από αυτά ανήκουν στη Συλλογή του Ολοκαυτώματος. Στις συλλογές του Ε.Μ.Ε. ανήκουν ακόμη ζωγραφικά έργα, σχέδια και χαρακτικά, πρωτότυπες φωτογραφίες και αρνητικά, παιδικά παιχνίδια, διάφορα είδη υποδημάτων, νομίσματα, αναθηματικές και επιτάφιες επιγραφές.
Οι συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνουν επίσης αρχεία εφημερίδων και αποκομμάτων, Αρχεία του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, που περιέχουν σπάνια ιστορικά έγγραφα, τη Βουλγαρική Συλλογή, από κοσμήματα, ρολόγια, αναπτήρες και άλλα έγγραφα, τιμαλφή και προσωπικά αντικείμενα και τη Συλλογή Έργων Τέχνης.
Στη νεοσύστατη Συλλογή Έργων Τέχνης του Εβραϊκού Μουσείου περιλαμβάνονται σύγχρονα έργα τέχνης Ελλήνων Εβραίων και Χριστιανών καλλιτεχνών, πολλά από τα οποία έχουν εκτεθεί σε κάποια από τις περιοδικές εικαστικές εκθέσεις, που έχει πραγματοποιήσει το Ε.Μ.Ε. στο Χώρο Σύγχρονης Τέχνης που διαθέτει. Η Συλλογή Έργων Τέχνης δημιουργήθηκε ως διέξοδος στις ανησυχίες του Μουσείου για την πολύπλευρη κάλυψη του θέματός του, αλλά και σε ανταπόκριση στην επιθυμία του κοινού να γνωρίσει, πέρα από την ιστορική πορεία και παράδοση των Ελλήνων Εβραίων, και άλλες πλευρές της ανθρώπινης έκφρασης που τους αφορούν, όπως η μουσική, η λογοτεχνία και οι καλές τέχνες. Σηματοδοτεί μια διεύρυνση της θεματολογίας του Μουσείου, ένα άνοιγμα σε καλλιτέχνες πέρα από τα όρια της Κοινότητας, μια προσπάθεια να διατηρεί πάντα ζωντανό το ενδιαφέρον του κοινού προτείνοντας νέα οπτική σε θέματα ιστορίας, παράδοσης, πίστης, ταυτότητας, μνήμης και συνύπαρξης, μέσα από την τέχνη.
