Οι συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνουν περισσότερα από οκτώ χιλιάδες πρωτότυπα αντικείμενα, υλικά κατάλοιπα 2.300 ετών εβραϊκής παρουσίας στην Ελλάδα.
Τον πυρήνα των συλλογών του, εκτός από λίγα αντικείμενα που είχε συγκεντρώσει μετά τον Πόλεμο ο τότε πρόεδρος της Ισραηλιτικής Κοινότητας Αθηνών, Ασέρ Μωυσής, αποτέλεσαν τα αντικείμενα που επεστράφησαν από τη Βουλγαρική Κυβέρνηση με την άνοδο του κομμουνισμού στην εξουσία. Πρόκειται για προσωπικά αντικείμενα, κοσμήματα, είδη οικιακής χρήσης, συναγωγικά σκεύη και έγγραφα, που ανήκαν στους Εβραίους των πόλεων της Αν. Μακεδονίας και Θράκης και κατασχέθηκαν μετά το 1941, όταν η περιοχή περιήλθε σε βουλγαρική κατοχή. Τα κατασχεμένα είδη είχαν καταγραφεί λεπτομερώς και αποτέλεσαν το πρώτο σημαντικό και ενιαίο εκτεταμένο σύνολο αντικειμένων της συλλογής.
Αυτό το πρώτο υλικό συνεχώς αυξανόταν, κυρίως από δωρεές ιδιωτών και κοινοτήτων, αρχικά από την περιοχή της Θεσσαλίας, τη Ρόδο και τα Ιωάννινα. Εκτός από σπάνια βιβλία και εκδόσεις του 17oυ– 19oυ αιώνα, το διάστημα 1977 – 1982 συγκεντρώθηκε σημαντικός αριθμός λειτουργικών υφασμάτων της οθωμανικής περιόδου, που έμελλε να αποτελέσουν έναν από τους σημαντικότερους πόλους ενδιαφέροντος τόσο των ειδικών ερευνητών, όσο και των απλών επισκεπτών. Το 1984 παραχωρήθηκε στο Μουσείο η εσωτερική επίπλωση, υφάσματα και σκεύη της συναγωγής της Πάτρας, μετά τη διάλυση της εκεί εβραϊκής κοινότητας λόγω έλλειψης μελών. Αυτά τα θρησκευτικά αντικείμενα είναι πολύ σημαντικά, πολύτιμα και αναντικατάστατα, αφού προέρχονται, ως επί το πλείστον, από συναγωγές και κοινότητες που δεν υπάρχουν πια.
Μέσα από αυτά τα αποκτήματα οργανώθηκαν οι πρώτες τυπικές ειδολογικές κατηγορίες: ιερών σκευών, οικιακών και προσωπικών αντικειμένων, αλλά και αντικειμένων, στοιχείων, και εγγράφων σχετικών με το Ολοκαύτωμα. Στη συνέχεια ακολούθησαν δωρεές ιδιωτών και κοινοτήτων από όλη την Ελλάδα και το εξωτερικό και νέα αποκτήματα εμπλούτισαν τη συλλογή. Η μετεγκατάσταση του Ε.Μ.Ε σε νέο κτήριο (1998) επέφερε αναζωπύρωση του ενδιαφέροντος του κοινού και πολυάριθμες νέες δωρεές αντικειμένων.
Γενικά, τα τελευταία χρόνια (2000 – 2005) το Μουσείο δέχεται περί τις 250-300 νέες προσθήκες στις συλλογές του κάθε χρόνο. Αυτές οι σπάνιες συλλογές που συνεχώς εμπλουτίζονται με νέο υλικό, καλύπτουν περισσότερους από τέσσερις αιώνες εβραϊκής ζωής στην Ελλάδα, υπολογίζοντας ότι τα παλαιότερα υφάσματα και προγαμιαία συμβόλαια χρονολογούνται στο 16o αιώνα μ.Χ.
