Η Συναγωγή της Αίγινας ανακαλύφθηκε το 1829 από τον Γερμανό ιστορικό Λούντβιχ Ρος [Ludwig Ross], κοντά στο σημερινό λιμάνι του νησιού. Οι ανασκαφές αποκάλυψαν ένα ψηφιδωτό δάπεδο με δύο αφιερωματικές συναγωγικές επιγραφές, μόλις ένα μέτρο από την επιφάνεια του εδάφους. Το ψηφιδωτό δάπεδο είναι ορθογώνιου σχήματος, διακοσμημένο με γεωμετρικές συνθέσεις, όπως ημικύκλια, κύκλους, λευκές τετράγωνες ψηφίδες και άνθη λωτού. Οι δύο επιγραφές βρίσκονται στα δυτικά, ενώ φιλοτεχνήθηκαν μέσα σε μια ορθογώνια επιφάνεια με προεξοχές στο πλάι (tabula ansata), η οποία σηματοδοτούσε την είσοδο της Συναγωγής. Οι επιγραφές κάνουν λόγο για την ανέγερση της Συναγωγής από τον αρχισυνάγωγο Θεόδωρο, χάρη σε δωρεές και χορηγίες των μελών της τοπικής εβραϊκής κοινότητας. Η αρχιτεκτονική της Συναγωγής της Αίγινας είναι μοναδική, καθώς θεωρείται πως αντιπροσωπεύει τη μετάβαση από τη συναγωγή με μία μόνο αίθουσα στον τύπο της βασιλικής. Η χρονολόγησή της μπορεί να προσδιοριστεί σχετικά εύκολα βάσει των επιγραφών και των διακοσμητικών θεμάτων. Το ψηφιδωτό δάπεδο της Συναγωγής της Αίγινας χρονολογείται με σχετική ασφάλεια μεταξύ του 300 και του 350 κ.ε., καθώς φέρει τυπική διακόσμηση ψηφιδωτών του 4ου αιώνα.
Το Μουσείο είναι κλειστό
