Στις 30 Ιανουαρίου 2006, σε εκδήλωση του Κεντρικού Ισραηλιτικού Συμβουλίου Ελλάδος στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών, τιμήθηκε η Εθνική Ημέρα Μνήμης Θυμάτων και Ηρώων του Ολοκαυτώματος. Το Εβραϊκό Μουσείο Ελλάδος συμμετείχε στη διοργάνωση, παρουσιάζοντας δύο περιοδεύουσες εκθέσεις υπό τον γενικό τίτλο «Η Ιστορία του Ολοκαυτώματος στην Ελλάδα». Η παρουσίασή τους έγινε δυνατή χάρη στην τιμητική πρόσκληση του Κεντρικού Ισραηλιτικού Συμβουλίου Ελλάδος και στην ευγενική χορηγία του οργανισμού Claims Conference Committee.
Η πρώτη από τις δύο εκθέσεις φέρει τον τίτλο «Το Ολοκαύτωμα των Ελλήνων Εβραίων: Καταδιωκόμενοι και Σωτήρες» και αποτελεί μια εισαγωγή στα γεγονότα της περιόδου 1941 – 1944, παρουσιάζοντας το ευρύτερο ιστορικό πλαίσιο που οδήγησε στον εκτοπισμό και την εξόντωση χιλιάδων συμπολιτών μας κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής.
Η δεύτερη έκθεση, με τίτλο «Κρυμμένα Παιδιά στην Ελλάδα της Κατοχής» διερευνά το θέμα των Εβραιόπουλων, που κατάφεραν, εν μέσω τεραστίων κινδύνων, να επιβιώσουν κρυπτόμενα.
