Αναφορές στα έργα του ιστορικού Φλάβιου Ιώσηπου μαρτυρούν την ύπαρξη Εβραϊκής κοινότητας στο νησί, το οποίο εκτός από θρησκευτικό κέντρο ήταν κατά την ύστερη αρχαιότητα και κοσμοπολίτικο εμπορικό λιμάνι. Υπάρχουν επίσης και υλικά τεκμήρια της κοινότητας, υπό τη μορφή των ερειπίων ενός κτιρίου του 1oυ αι. π.Χ., το οποίο έχει ταυτιστεί ως συναγωγή με βάση επιγραφικά ευρήματα.
Μετά την καταστροφή της το 88 π.Χ. από το βασιλιά του Πόντου Μιθριδάτη, στα πλαίσια του πολέμου που διεξήγαγε ενάντια στη Ρώμη, η Δήλος δε μπόρεσε ποτέ ξανά να διεκδικήσει την παλιά της θέση στην καρδιά της Μεσογείου. Το νησί περιέπεσε σε σταδιακή παρακμή, ώσπου ερήμωσε τελείως, πριν τα τέλη του 6oυ αι. μ.Χ.
