Οι συνεργασίες και τα κοινά προγράμματα στα οποία συμμετέχει το Μουσείο στην Ελλάδα και το εξωτερικό, αποκτούν ιδιαίτερη σημασία μέσα στο ευρύτερο κλίμα συνεργασίας μεταξύ φορέων και ιδρυμάτων που επικρατεί στην αυγή του 21ου αιώνα.

Το Μουσείο έχει συνεργαστεί πολλές φορές με κρατικούς φορείς, όπως τα υπουργεία Εξωτερικών, Πολιτισμού, Τύπου, Παιδείας, για την εκπόνηση ερευνητικών προγραμμάτων και τη δημιουργία διεθνών περιοδευουσών εκθέσεων, ενώ έχει επίσης εκπροσωπήσει την Ελλάδα σε ευρωπαϊκά και διεθνή συνέδρια.

Έχει επίσης δημιουργήσει εκπαιδευτικά προγράμματα σε συνεργασία με ελληνικά μουσεία, όπως το Παιδικό Μουσείο, το Βυζαντινό και Χριστιανικό Μουσείο και το Μουσείο Ισλαμικής Τέχνης. Ακόμα, έχει εργαστεί με σχολεία και πνευματικά κέντρα για φωτογραφικές εκθέσεις, φωτογραφικά λευκώματα και ιστορικές εκδόσεις με υλικό από το Αρχείο του.

Στο διεθνή τομέα, έχει συμπράξει με το Εβραϊκό Μουσείο Φρανκφούρτης, το U.S. Holocaust Memorial Museum στην Ουάσιγκτον, το ίδρυμα Yad Vashem στην Ιερουσαλήμ, το Ινστιτούτο Goethe της Θεσσαλονίκης, το Εβραϊκό Πανεπιστήμιο της Ιερουσαλήμ, το Εβραϊκό Μουσείο της Πράγας και το Imperial War Museum του Λονδίνου.

Κατά την περίοδο 1999-2001, το Ε.Μ.Ε. έλαβε μέρος σε ένα πρόγραμμα πολιτιστικού ενδιαφέροντος, ονόματι RAPHAEL-OIKOS II, σε συνεργασία με άλλους δύο ανάλογους οργανισμούς, το Oxfordshire Museum της Αγγλίας και το Μουσείο Setubal της Πορτογαλίας, για την παραγωγή ενός CD-Rom και μιας περιοδεύουσας έκθεσης με θέμα την κοινωνική συνύπαρξη και ανταλλαγή μεταξύ μιας μεγάλης κοινότητας και των μικρότερων θρησκευτικών ή εθνικών κοινοτήτων τις οποίες φιλοξενεί.

Επιδιώκοντας να είναι διαρκώς ενήμερο για όλες τις εξελίξεις στην ευρωπαϊκή και διεθνή μουσειολογική σκηνή, το Εβραϊκό Μουσείο, όπως προαναφέρθηκε, είναι ενεργό μέλος και συμμετέχει στις δράσεις σημαντικών οργανισμών μουσείων, όπως το Διεθνές Συμβούλιο Μουσείων (ICOM), ο Σύνδεσμος Ευρωπαϊκών Εβραϊκών Μουσείων, ο Σύνδεσμος Ευρωπαϊκών Ιστορικών Μουσείων, ο Σύνδεσμος Μουσείων, το Φόρουμ Ευρωπαϊκών Μουσείων και άλλοι.