Στο δεύτερο επίπεδο αρχίζει το ιστορικό τμήμα του Μουσείου, που καλύπτει την μακρά περίοδο από τον 3ο αι. π.Χ. έως το τέλος του δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου.

Στην πρώτη προθήκη εξετάζεται η ιστορία των ελληνο-εβραϊκών κοινοτήτων από την ύστερη αρχαιότητα μέχρι το τέλος του 19ου αι., μέσα από αρχαιολογικό υλικό, παλιά έγγραφα, ιστορικά χειρόγραφα και σημαντικές εκδόσεις.

Στο ίδιο επίπεδο παρουσιάζεται η συμμετοχή των Εβραίων στρατιωτών και αξιωματικών στους αγώνες του ελληνικού έθνους, καθώς και η ιστορία του πρώιμου σιωνιστικού κινήματος στην Ελλάδα.