Το Μουσείο διατηρεί μία αυστηρή δανειστική πολιτική και έχει δημιουργήσει ειδικά έγγραφα για το δανεισμό, αλλά και για τη δωρεά αντικειμένων. Το ίδιο δέχεται αντικείμενα από δανεισμό μόνο για περιοδικές εκθέσεις και για συγκεκριμένα χρονικά διαστήματα. Είναι ανοιχτό σε προτάσεις για βραχυχρόνιο δανεισμό αντικειμένων της συλλογής του σε άλλα ιδρύματα, αλλά και σε περιπτώσεις μακροχρόνιου δανεισμού, υπό μορφή όμως ανανεώσιμων διετών ή τριετών συμφωνιών. Αυτό συμβαίνει κυρίως λόγω της σπανιότητας των αντικειμένων που διαθέτει, αλλά και για λόγους εσωτερικής ευελιξίας και δυνατότητας εξυπηρέτησης πολλαπλών αναγκών.
Στο πλαίσιο της συνεργασίας του με άλλα μουσεία διεθνώς, το Ε.Μ.Ε. έχει δανείσει ένα πάνινο κίτρινο «Άστρο του Δαυίδ», μετά από αίτηση του Imperial War Museum (Αυτοκρατορικού Πολεμικού Μουσείου του Λονδίνου). Πρόκειται για ένα τριετές ανανεώσιμο δάνειο, που έχει συμπεριληφθεί σε σχετικό έκθεμα στη μόνιμη έκθεση του I.W.M. για το Ολοκαύτωμα.
