Στο επίπεδο αυτό, βρίσκεται η αίθουσα που είναι αφιερωμένη στο Ολοκαύτωμα (Shoah). Το θέμα αναλύεται σε τέσσερις ειδικά σχεδιασμένες προθήκες, οι οποίες καλύπτουν τα γεγονότα κατά τη διάρκεια της Κατοχής στην Ελλάδα, από τα πρώτα μέτρα εναντίον των Εβραίων στη Θεσσαλονίκη το 1941, μέχρι την απελευθέρωση των λίγων επιζώντων από τα στρατόπεδα συγκέντρωσης το 1945. Σε αυτό τον ευαίσθητο χώρο καταβλήθηκε συνειδητή προσπάθεια να μεταφερθούν τα γεγονότα, όπως τα αντιλήφθηκαν οι άνθρωποι που τα βίωσαν και να μεταδοθεί το κλίμα σύγχυσης, τρόμου και αγωνίας που επικρατούσε. Βιογραφικά σημειώματα των ανθρώπων, αντικείμενα των οποίων εκτίθενται στο χώρο αυτό, υπογραμμίζουν στον επισκέπτη ότι τα θύματα του Ολοκαυτώματος ήταν πραγματικοί άνθρωποι με σάρκα και οστά. Ένα θέμα που αναπτύχθηκε περισσότερο μετά από πρόσφατη έρευνα είναι η συμμετοχή των Ελλήνων Εβραίων στην Εθνική Αντίσταση. Στο χώρο αυτό παρουσιάζεται ήδη η γενναία στάση ορισμένων επώνυμων Ελλήνων χριστιανών. Στόχος είναι να επεκταθεί η οφειλόμενη τιμή και στους απλούς και ανώνυμους συνανθρώπους που διακινδύνευσαν τη ζωή τους για τη σωτηρία των διωκόμενων Εβραίων με ένα έκθεμα για τους Έλληνες Δίκαιους των Εθνών, στους οποίους απονεμήθηκε η σχετική διάκριση του Yad Vashem, του Διεθνούς Κέντρου Μνήμης του Ολοκαυτώματος του Ισραήλ.
Διαταγές περιοριστικών μέτρων προς τους Εβραίους της γερμανικής ζώνης κατοχής, όπως αυτή του Στρατηγού Στρόοπ, αρχηγού των Ες-Ες και της Αστυνομίας της Ελλάδας, καθώς και αντισημιτικές ανακοινώσεις, όπως αυτή στα δεξιά της διαταγής του Στρόοπ, προς τους κατοίκους της Κέρκυρας, που εξέδωσαν οι τοπικές αρχές, για να γνωστοποιήσουν τη δήμευση ιδιοκτησιών, αλλά και τον εκτοπισμό των Εβραίων του νησιού.
Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και Πάσης Ελλάδος (1941 – 1949), Δαμασκηνός. Κατ’ εντολή του εκδίδονταν πιστοποιητικά βαπτίσεως για τους εβραίους, ώστε να αποφεύγεται η σύλληψη και η απέλασή τους. Για την έγγραφη υπεράσπιση της εβραϊκής κοινότητας απειλήθηκε από τον Στρατηγό Στρόοπ με τουφεκισμό, απαντώντας: « Οι Ιεράρχες της Ελλάδος, Στρατηγέ Στρόοπ, δεν τουφεκίζονται, απαγχονίζονται. Σας παρακαλώ να σεβασθήτε αυτήν την παράδοσιν».
Ελληνική έκδοση του ναζιστικού προπαγανδιστικού φυλλαδίου “Der Untermensch” (Ο Υπάνθρωπος) [1942], στις εσωτερικές σελίδες του οποίου «τεκμηριώνεται», στη βάση ανθρωπολογικών συγκρίσεων, η «κατωτερότητα» των Εβραίων.
Κατεστραμμένος κύλινδρος της Τορά από τη Συναγωγή της Ρόδου. Η σεφαραδίτικη κοινότητα της Ρόδου ανήκε στην ιταλική ζώνη κατοχής μέχρι το φθινόπωρο του 1943, όταν και συνθηκολόγησε η Ιταλία. Τότε και τα Δωδεκάνησα πέρασαν στα χέρια των Γερμανών.
Δύο ταυτότητες του ίδιου προσώπου: του Δαυίδ Ασέρ. Η πάνω ταυτότητα, χρώματος πορτοκαλί, είναι η πραγματική ταυτότητά του με ημερομηνία 30 Αυγούστου 1943. Η κάτω ταυτότητα, χρώματος μπλε, με φωτογραφία του ίδιου προσώπου, έχει το χριστιανικό όνομα «Δημήτριος Σταματόπουλος» και θρήσκευμα «ορθόδοξον» με ημερομηνία 29 Μαρτίου 1944. Οι πλαστές αυτές ταυτότητες δε διέφεραν από τις πραγματικές αφού είχαν εκδοθεί από την ίδια την Αστυνομία με εντολή του Διοικητή Άγγελου Έβερτ, ο οποίος αργότερα τιμήθηκε με τον τίτλο του Δικαίου των Εθνών.
Χειρόγραφο σημείωμα του Ζακ Σούση, κατά το διάστημα που ήταν φυλακισμένοι μαζί με άλλα μέλη της οικογένειας στο στρατόπεδο Χαϊδαρίου, στην Αθήνα. Τα σημειώματα αυτά στάλθηκαν στη σύζυγο του Ζακ, Λουίζα. Λίγες μέρες μετά, στις 2 Απριλίου 1944 όλοι οι Εβραίοι που κρατούνταν στο Χαϊδάρι εκτοπίστηκαν στο Άουσβιτς. Ο Ζακ τελικά πεθαίνει από δυσεντερία τον Φεβρουάριο του 1945 στο Μάουτχάουζεν, όπου είχε φτάσει μετά από πορεία θανάτου.
Καλτσάκια που έπλεξε η Έντα ντε Μποτόν-Σιακκή για τη μικρή της κόρη Ρέινα, κατά τον εγκλεισμό της στο Μπέργκεν-Μπέλσεν. Η μικρή Ρέινα είχε κρυφτεί στο καθολικό μοναστήρι του Καλαμαρί, στη Θεσσαλονίκη, όπου φυγαδεύτηκε με τη βοήθεια παιδικής φίλης της μητέρας της.
Δύο φωτογραφίες μεγενθυμένες, που εντοπίστηκαν σε μενταγιόν. Τα ονόματα των εικονιζόμενων παραμένουν αταυτοποίητα, καθώς τα μενταγιόν αυτά είναι μέρος των αντικειμένων που είχαν κατασχεθεί από τις βουλγαρικές αρχές την άνοιξη του 1943 από τους Εβραίους κατοίκους της Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης.
Μπλούζα από μαύρο σιφόν, κεντημένη από τη Λίζα Πίνχας, με ρητά των Σαρτρ, Κωλλέτ και Ζιντέ, λίγο μετά την επιστροφή της στην Ελλάδα, σε μια προσπάθεια να εμπνεύσει τον εαυτό της.
Ο Λέων Σ. Μπατής, φωτογραφημένος πιθανώς στο Βουκουρέστι, το 1945. Ο Λέων ήταν ο πρώτος επιζών που επέστρεψε από τα στρατόπεδα θανάτου στην Ελλάδα. Οι μαρτυρίες του για το τι συνέβη σε αυτά, δεν έγιναν πιστευτές από τους ομοθρήσκους του και στάλθηκε σε άσυλο για δύο εβδομάδες.
Τελετή απονομής του τίτλου «Δικαίου των Εθνών», του Ιδρύματος Γιαντ Βασσέμ, στην κατοικία του Πρεσβευτή του Ισραήλ στην Ελλάδα, Ν. Γιάις, στις 7 Νοεμβρίου 1978, προς τους: Αοίδιμο Μητροπολίτη Ζακύνθου Χρυσόστομο, Δήμαρχο Ζακύνθου επί Κατοχής, Λουκά Καρρέρ, ζεύγος Σκουλάτου, από την Αθήνα, αποθανόντος Εμμανουήλ Πετράκη από τα Χανιά.
